Es gibt verschiedene Methoden, mikrobiell belastetes Trinkwasser zu desinfizieren. Eine Möglichkeit, verkeimtes Trinkwasser zu reinigen, bietet die Erhitzung des Wassers. Bei dieser sogenannten thermischen Desinfektion wird der Warmwasserbereiter sowie das gesamte Leitungsnetz inklusive aller der Entnahmestellen für mindestens drei Minuten auf mehr als 71 °C aufgeheizt. Alternativ kann man zur chemischen Keule greifen und das Wasser mit Chlorverbindungen behandeln. Allerdings darf während einer solchen Maßnahme kein Trinkwasser für den menschlichen Gebrauch entnommen werden, da die Chemikalien gesundheitsschädlich sind. Eine UV-Bestrahlung des Trinkwassers macht nur beim Wasserversorger Sinn, da das Wasser für diese Maßnahme weitgehend frei von Trübstoffen sein muss.

Elektrochemische Prozesse, bei denen elektrolytisch Chlor vor Ort produziert werden, erwiesen sich in der Vergangenheit immer wieder als problematisch, da die Entstehung von toxischen Nebenprodukten nicht ausgeschlossen werden kann. Außerdem kann die Chlorkonzentration hier nicht genau bestimmt werden, da die entstehenden Elektrolyte wärmeabhängig zerfallen. Bei einer sehr großen zu desinfizierenden Wassermenge kann die Einwirkzeit der Elektrolyte zu kurz sein. Dies ist ein großes Problem vor allem in Kühltürmen.

Ein weiterer Nachteil der vorgenannten Methoden ist die Produktion von organischem Kohlenwasserstoff aus den abgetöteten Bakterien, der wiederum lebenden Bakterien als Nahrungsgrundlage dient.

Eine sehr geeignetes Verfahren, gefährliche Krankheitserreger aus dem Trinkwasser zu entfernen, ist die Mikrofiltration des Wassers an der Entnahmestelle durch einen sog. Medizinfilter. Hier werden mithilfe einer technischen Membrane alle Partikel herausgefiltert, die größer sind als die Poren in der Membrane. Zur Bakterienentfernung sollte die Porengröße 0,2 µm betragen (internationaler Standard). Bei dieser Methode wird dem Wasser nichts hinzugefügt, die für den Menschen wichtigen Mineralstoffe werden im Trinkwasser belassen.